Madrasah Aliyah Negeri 2 Jakarta adalah lembaga pendidikan yang setingkat dengan Sekolah Menengah Umum lainnya yang berciri khas Islam di bawah naungan Departemen Agama Republik Indonesia.

Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 2 Jakarta pada awalnya bernama Pendidikan Pegawai Urusan dan Peradilan Agama Negeri (PPUPAN). PPUPAN ini berdiri pada tahun 1960 yang berlokasi di Mampang Prapatan, dan tahun 1968 direlokasi ke Pondok Pinang Jakarta Selatan. Selanjutnya, pada tahun 1978 dari PPUPAN menjadi MAN 2 Pondok Pinang Jakarta Selatan.
Pada tahun 1981, Madrasah Aliyah Negeri ( MAN) 2 tersebut direlokasikan ke Komplek Yayasan Masjid PB. Soedirman Cijantung Jakarta Timur. Kemudian pada Tahun 1991 direlokasi ke Jalan Penganten Ali RT 001/06 No. 112 Ciracas Jakarta Timur.
Madrsah Aliyah Negeri 2 Ciracas Jakarta Timur mulai tahun pelajaran 1994/1995 secara penuh telah melaksanakan Kurikulum Baru 1994 dan pada Tahun Pelajaran 1996/1997 kelas III merupakan siswa yang pertama kali yang melaksanakan EBTANAS dengan kurikulum 1994 dengan Program/Jurusan yang ada ialah: 1). Program Bahasa, 2). Program IPA, dan 3). Program IPS, selain itu tersedia pula program untuk keterampilan yang meliputi : Tata Busana, Otomotif, AC/kulkas , dan Desain Grafis.
Pada tahun 2004, MAN 2 Jakarta sudah menerapkan sistim pembelajaran yang berbasis kompetensi yang berpedoman pada Kurikulum 2004 dimulai dari kelas X (Sepuluh), dan pada tahun pelajaran 2006-2007 menggunakan kurikulum MAN 2 Jakarta